漢族DEL基因分析論文
時(shí)間:2022-03-18 01:19:00
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【摘要】為了快速鑒定DEL表型,建立浙江漢族del表型的基因分型方法,根據(jù)RHD1227A等位基因序列設(shè)計(jì)等位基因特異性-聚合酶鏈反應(yīng)(allelespecific-polymerasechainreaction,AS-PCR),用于DEL表型的基因分型。用已知RHD1227A多態(tài)性的樣本和已知DEL表型的樣本評(píng)價(jià)基因分型方法的靈敏度和特異性。結(jié)果表明:在50例RHD1227A陽性和50例RHD1227A陰性的Rh陰性樣本中基因分型方法的靈敏度和特異性都是100%;在33例DEL陽性樣本和89例DEL陰性的樣本中,基因分型方法的靈敏度為100%,有2例樣本血清學(xué)結(jié)果為陰性而基因分型結(jié)果為陽性,重新用血清學(xué)方法和序列分析方法復(fù)核這2例樣本,發(fā)現(xiàn)2例都是血清學(xué)漏檢,因而基因分型方法的特異性是100%。結(jié)論:設(shè)計(jì)的基因分型方法可以有效地鑒定浙江漢族Rh陰性人群中的DEL表型。
【關(guān)鍵詞】DEL表型;RHD1227A等位基因;基因分型
EstablishmentofGenotypingMethodforDELPhenotypeinZhejiangHanPopulation
AbstractInordertoestablishagenotypingmethodforDELphenotypeinZhejiangHanpopulation,anAS-PCRmethodwasdevelopedaccordingtotheRHD1227Aallelesequence.ItsspecificityandsensitivitywereassessedintwoRhnegativepopulationswhoseRHD1227AorDELphenotypestatuswasknown.Theresultsshowedthatinevaluationofthemethodbydetecting50RHD1227Apositiveand50RHD1227Anegativeindividuals,thegenotypingmethoddisplayedasensitivityof100%andaspecificityof100%;inevaluationofthemethodbydetecting33DELpositiveand89DELnegativeindividuals,thesensitivitywas100%,however,thereweretwoserologicallynegativesampleswhichwereconfirmedaspositiveusinggenotypingmethod.Afterre-testingthesetwosampleswithserologicalmethodandsequenceanalysis,itwasfoundthatoriginalserologicalmethodgavefalsenegativeresultsandgenotypingmethodstillshowed100%specificity.TheminimaltargetDNAconcentrationofthisgenotypingmethodis8.13ng/μl.Inconclusion,designedgenotypingmethodcanbeusedtoidentifyDELphenotypeefficientlyinZhejiangHanRhnegativepopulation.
KeywordsDELphenotype;RHD1227Aallele;Genotyping
Rh血型中D抗原在輸血醫(yī)學(xué)和產(chǎn)科學(xué)中意義最為顯著。最近的研究發(fā)現(xiàn),DEL表型(一種極弱表達(dá)的D抗原,只有通過吸收釋放的方法才能檢測到,稱為DEL抗原)的血液輸注給Rh陰性患者仍會(huì)產(chǎn)生抗D免疫反應(yīng)[1],因此,對(duì)DEL抗原的免疫原性應(yīng)予以重視[2-4]。目前常用的血清學(xué)DEL表型鑒定方法由于步驟繁瑣而不適合臨床大規(guī)模應(yīng)用,如何快速有效的鑒定DEL表型已成為一個(gè)具有重要臨床意義的課題。我們的研究發(fā)現(xiàn),浙江漢族DEL表型和RHD1227A相關(guān)(未發(fā)表研究結(jié)果)。根據(jù)RHD1227A等位基因序列,我們設(shè)計(jì)了1種AS-PCR方法,通過檢測100例RHD1227A多態(tài)性已知的Rh陰性樣本和122例DEL表型已知的樣本,對(duì)該方法用于浙江漢族Rh陰性人群中DEL表型基因分型的適用性進(jìn)行評(píng)價(jià)。
材料和方法
對(duì)象
在浙江省居住或者工作的無親緣關(guān)系Rh陰性漢族獻(xiàn)血員222例,包括50例RHD1227A陽性和50例RHD1227A陰性(參照參考文獻(xiàn)[5],序列分析確定RHD1227A位點(diǎn)的多態(tài)性)、33例DEL陽性和89例DEL陰性(DEL表型采用氯仿釋放的方法鑒定,見參考文獻(xiàn)[6])。
Rh表型血清學(xué)鑒定
RhD表型鑒定采用常規(guī)鹽水平板法,使用加拿大Dominion公司的IgM和IgG混合的抗D試劑。RhC、Rhc、RhE和Rhe鑒定采用鹽水試管法,試劑為Dominion公司的相應(yīng)單克隆抗體。
基因分型
根據(jù)RHD基因和RHD1227A等位基因相關(guān)序列設(shè)計(jì)一組特異擴(kuò)增RHD1227A等位基因的引物:RHDEL-s:5''''-GACCAAGTTTTCTGGAAA-3''''(位置對(duì)應(yīng)于AJ299028的68-85)、RHDEL-a:5''''-CGAGAG-AATTTTGAGCAC-3''''(位置對(duì)應(yīng)于AB035185的849-832)。1對(duì)特異擴(kuò)增人生長激素基因429bp的引物作為內(nèi)對(duì)照,HGH-s:5''''-GCCTTCCCAACCATTCCCTTA-3'''';HGH-a:5''''-TCACGGATTTCTGTTGTGTTT-3''''。反應(yīng)總體積10μl,含模板DNA0.2μl(約含DNA50-60ng),特異性引物終濃度250nmol/L,內(nèi)對(duì)照引物終濃度50nmol/L,MgCl2終濃度1.5mmol/L,dNTP終濃度200μmol/L,Taq酶0.2U(TaKaRa公司產(chǎn)品)。PCR擴(kuò)增條件:95℃預(yù)變性5分鐘,然后94℃變性30秒、58℃退火30秒和72℃延伸50秒,循環(huán)30次,最后72℃延伸5分鐘。產(chǎn)物通過2%瓊脂糖凝膠電泳,用凝膠成像儀(Syngene公司產(chǎn)品,英國)觀察結(jié)果。
基因分型方法DNA濃度檢測下限評(píng)估
將RHD1227A陽性的DNA用BioPhotometer(Eppendorf公司產(chǎn)品,德國)測得濃度,用RHD1227A陰性的DNA作為稀釋液,倍比稀釋RHD1227A陽性樣本。稀釋后DNA的PCR產(chǎn)物通過2%瓊脂糖凝膠電泳,用凝膠成像儀(Syngene公司產(chǎn)品,英國)觀察結(jié)果。
結(jié)果
RHD1227A多態(tài)性已知的Rh陰性人群
在100例Rh陰性人群中,用基因分型方法擴(kuò)增50例RHD1227A陽性樣本,都可擴(kuò)增得到867bp的特異條帶和429bp的內(nèi)對(duì)照條帶,即結(jié)果都為陽性;擴(kuò)增50例RHD1227A陰性樣本,都只能擴(kuò)增出429bp的內(nèi)對(duì)照條帶,即結(jié)果都為陰性。這表明基因分型方法在該群體中檢測RHD1227A的靈敏度和特異性都為100%。電泳圖見圖1。
DEL表型已知人群的Rh陰性人群
在122例DEL表型已知的人群中,用基因分型方法擴(kuò)增33例DEL表型陽性樣本,結(jié)果都為陽性,擴(kuò)增89例DEL表型陰性樣本,結(jié)果有2例(RhCedee)為陽性,87例為陰性。用原始的DEL表型鑒定結(jié)果做參照,基因分型方法在該群體中檢測DEL表型的靈敏度為100%,特異性為97.75%。
血清學(xué)方法和基因分型方法結(jié)果不一致樣本
對(duì)DEL表型血清學(xué)方法檢測結(jié)果為陰性、基因分型檢測結(jié)果為陽性的2例樣本重新取樣分析。血清學(xué)吸收釋放結(jié)果為DEL陽性,外顯子9序列分析結(jié)果為RHD1227A為陽性。即2例樣本的基因分型結(jié)果和血清學(xué)結(jié)果不符是由于原始血清學(xué)方法的漏檢DEL表型造成。因此,基因分型方法的特異性仍然為100%。
基因分型方法的DNA濃度檢測下限
將RHD1227A陽性的DNA用RHD1227A陰性的DNA倍比稀釋后,3份樣本都可以在稀釋32倍后,仍然可以擴(kuò)增到比較清楚的陽性條帶(圖2)。稀釋64倍的樣本擴(kuò)增結(jié)果不可見。3份樣本原始DNA濃度分別為290ng/μl、250ng/μl和240ng/μl,取算術(shù)平均值260ng/μl?;蚍中头椒ǖ腄NA濃度檢測下限以稀釋32倍計(jì)算,約為8.13ng/μl。
討論
亞洲Rh陰性人群有很高比例的DEL表型,并且各地DEL表型的分子機(jī)理不盡一致[7-12]。中國臺(tái)灣人群DEL分子機(jī)制主要有外顯子9缺失和RHD1227A等位基因2種[7-10]。中國深圳人群DEL的分子機(jī)制主要由RHD1227A等位基因引起,和3''''非翻譯序列無關(guān)[11-12]。我們未發(fā)表的研究結(jié)果表明,浙江漢族人群DEL分子機(jī)制也是由RHD1227A等位基因引起。因此,我們根據(jù)RHD1227A等位基因序列設(shè)計(jì)了AS-PCR方法用于DEL表型的基因分型檢測。通過檢測100例RHD1227A多態(tài)性已知的Rh陰性樣本,我們證明該基因分型方法可以有效的檢測RHD1227A等位基因,并且該方法的DNA濃度檢測下限約為8.13ng/μl,對(duì)Rhccdee等DEL表型陽性概率比較低的樣本可以通過檢測5-10份樣品的混合樣來提高工作效率。檢測122例DEL表型已知的樣本發(fā)現(xiàn),基因分型結(jié)果和原來的血清學(xué)DEL表型結(jié)果有2例不一致。重新取樣做血清學(xué)鑒定和序列分析發(fā)現(xiàn),這2例基因分型結(jié)果陽性、血清學(xué)結(jié)果陰性樣本是由于血清學(xué)方法的漏檢造成。血清學(xué)漏檢DEL表型可能與不同批號(hào)抗D試劑的效價(jià)、血樣的新鮮程度、抗人球蛋白試劑的效價(jià)和靈敏度以及吸收釋放操作步驟標(biāo)準(zhǔn)化程度等眾多因素有關(guān),這也提示基因分型方法比血清學(xué)DEL鑒定方法靈敏度更高,重復(fù)性更好。另外,基因分型方法還可以利用血站的核酸檢測系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化檢測?;蚍中偷撵`敏度和特異性在我們的研究樣本中都為100%,表明該法可以用于檢測浙江漢族Rh陰性人群中的DEL表型。據(jù)我們所知,國內(nèi)尚未有DEL表型基因分型方法的報(bào)道。用我們的基因分型方法可以簡便地在Rh陰性人群中鑒定DEL表型,便于將來系統(tǒng)研究DEL抗原的免疫原性,從而更安全的使用DEL血液。
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